Achados arqueológicos comprovam a presença humana na área do Concelho de Olhão desde o Neolítico. A ocupação romana deixou vestígios importantes em Marim, junto à Ria, onde existia uma importante estação no século IV, sendo a sua vasta necrópole também utilizada durante o domínio visigótico (secs. V a VIII). Em Marim os romanos construíram salinas e implementaram a indústria de pesca e salga de peixe, cujos produtos eram depois exportados para todo o Império (antigos tanques de salga de peixe estão actualmente expostos no Parque Natural da Ria Formosa). Aliás, Marim estará associada à origem de Olhão tanto por ter sido talvez o primeiro talvez ponto de fixação humana na região. Efectivamente, no reinado de D. Diniz, em 1282, iniciou-se a construção da Torre de Marim, cujos restos ainda existem na actual Quinta de Marim, para vigiar a Barra Velha (na época a única entrada do mar para a Ria Formosa na região entre a Fuseta e Faro) e proteger os habitantes dos ataques dos piratas mouros. Esta Quinta foi desde logo uma rica empresa agrícola, atendendo à fartura de água da sua nascente. Em data incerta (provavelmente século XVI e até 1840) instalou-se em Marim uma armação do atum que atraía algumas dezenas de pescadores de Faro, acompanhados pelas famílias, nos meses de Março, Abril e Maio. Certamente alguns destes pescadores, ao verificarem a abundância de peixe da Ria Formosa, decidiram permanecer nas humildes cabanas construídas de madeira, canas e palha, onde hoje se ergue a zona antiga da cidade. Embora exista um primeiro documento datado de 1378 que se refere a um "logo que chamam olham", não é seguro que tenha a ver com o local da actual cidade. O que é seguro é que em 1614 os registos da Paróquia de Quelfes já se referiam aos moradores da Praia de Olhão e, em 1719, já há referências ao Lugar de Olhão. A população foi crescendo e, em 1679, a sua importância justificava a construção da fortaleza de São Lourenço para defesa contra os ataques dos piratas. O primeiro edifício de pedra foi a Igreja da Nossa Senhora da Soledade, construída em data incerta, e o segundo edifício de pedra foi a Igreja de Nossa Senhora do Rosário, começada em 1698. Só em 1715, porém, é autorizada a primeira habitação em alvenaria. Efectivamente, o poder político em Faro sempre recusou construções de alvenaria em Olhão até esta data. Curiosamente, o Marquês de Pombal, em inquérito efectuado no então Reino do Algarve perguntava pela identificação dos notáveis de cada localidade. Olhão não tinha quaisquer notáveis! Era uma pequena localidade sem aristocracia, apenas constituída por homens do mar, a quem recusavam autonomia administrativa e durante muitos anos, recusavam a construção de uma simples casa de alvenaria! No entanto, Olhão foi-se construindo de uma forma igualitária, livre, e frequentemente à revelia e em rebelião com o Poder político instituído, representado sobretudo pelas duas importantes cidades vizinhas - Faro e Tavira. Em 1765, D. José concede finalmente aos mareantes do Lugar de Olhão (então com 850 fogos) a autorização de se separarem da Confraria do Corpo Santo de Faro, constituindo eles mesmos uma confraria sua, que suportariam às suas custas - o Compromisso Marítimo. Foi durante o cerco de Gibraltar, de 1779 a 1783, e mais tarde o de Cadiz, que os marítimos deste Lugar de Olhão tiveram oportunidade de progredir economicamente, comercializando com grandes lucros os produtos da terra - peixes e derivados - quer com sitiantes quer com sitiados. Mas foram as invasões francesas que deram a oportunidade a Olhão de se afirmar politicamente. Provavelmente devido ao seu espírito igualitário, sem compromissos com quaisquer poderes instituídos, os olhanenses protagonizaram no século XIX a primeira sublevação bem sucedida contra a ocupação francesa (em 16 de Junho de 1808, actualmente o dia da Cidade), que se tornou um rastilho decisivo para a expulsão dos franceses do Algarve (ver revolta de Olhão). Este momento histórico foi determinante para a emancipação de Olhão, porque o rei D. João VI (1767-1826), então refugiado no Brasil, recebeu a boa nova da expulsão dos franceses através de um punhado de olhanenses que se meteram ao mar a bordo do caíque "Bom Sucesso", numa viagem heróica, apenas orientados pelas estrelas, as correntes marítimas e um mapa rudimentar! O rei, reconhecido pela iniciativa da sublevação e pelo heroísmo da viagem marítima, elevou através de alvará o pequeno e desconhecido Lugar de Olhão a vila, em 1808, com o epíteto de Vila de Olhão da Restauração. De 1826 a 1834 os olhanenses lutam encarniçadamente por D. Pedro contra D. Miguel, transformando-se a vila num dos mais fortes baluartes do Liberalismo no sul do País, resistindo a apertados cercos e violentos ataques dos Miguelistas. Em 1842 é criada na vila uma alfândega que, em cerca de 20 anos, se torna o mais importante posto aduaneiro do Algarve devido à pesca e outros produtos algarvios. Por esta razão em 1864 é criada uma Capitania do Porto e, em 1875, o Tribunal Judicial de Olhão. Na última metade do século XIX, a actividade comercial desenvolvida pelos marítimos olhanenses, cresceu imenso, estendendo-se até ao Mediterrâneo Oriental. São conhecidos nesta época contactos com o Mar Negro (em 1871, um caíque capitaneado por António da Silva Guerreiro, foi até Odessa, na Ucrânia, para comprar cereais) e outras paragens como Oram, Nemours, Philippoville, Sardenha. Os contactos com Marrocos e, talvez mesmo com a Grécia, levam muitos olhanenses a construir as suas habitações de modo semelhante, cúbicas e caiadas de branco, o que valeu a Olhão a alcunha de "vila cubista". Na primeira metade do século XX, a instalação da indústria de conservas de peixe, fez de Olhão uma vila rica e extremamente produtiva. A primeira fábrica de conservas surgiu em 1881, fundada pela empresa francesa Delory, e em 1919 já existiam cerca de 80 fábricas. Talvez expressão desse desenvolvimento foi o facto de o Sporting Clube Olhanense ter-se consagrado Campeão Nacional de Futebol em 1924. Infelizmente, na última metade do século XX, a decadência da indústria conserveira e da própria pesca empobreceu a vila que, no entanto, foi elevada a cidade em 1985. Actualmente, Olhão renasce com o mesmo espírito igualitário e de liberdade que a define. Continua a ter na pesca um dos esteios da sua economia, mas começa a lançar-se de forma decidida no turismo de qualidade, com a recente construção do porto de recreio.
